Sonic vit désormais une vie paradisiaque aux côtés de Tails, Knuckles, Tom et Maddie. Mais un jour, Le résultat d’un projet top secret nommé Shadow un hérisson aux mêmes pouvoir que Sonic pouvant flotter dans les airs et pouvant se téléporter se libère de la capsule où il a été enfermé durant les 50 années précédentes pour semer la destruction sur la surface de la terre